5月20日，我校召开了2009年“小金库”专项治理工作全校动员部署大会，此次会议是视频会议，主会场在四平路校区，分会场在嘉定校区。校党委书记周家伦和副校长陈小龙出席了会议，机关部门负责人、院系主管财务领导和办公室主任、直属单位负责人、后勤集团及其下属各中心负责人和财务负责人、附属医院负责人和财务负责人、校区管委会办公室负责人参加了会议。
会上，陈小龙副校长传达了教育部视频会议精神，对做好我校“小金库”专项治理工作提出两点意见，要求各部门领导要充分认识“小金库”的危害性，同时强调勤俭办学，杜绝铺张浪费现象，强化法制观念，加强监督管理，预防和禁止“小金库”的发生。财务处处长凌玮详细解读了《同济大学开展“小金库”专项治理工作的实施办法》的具体内容和要求，审计处处长徐建平结合学校实际情况介绍了“小金库”的一些主要表现形式，监察处处长王正才通报了我校对有关部门“小金库”的检查处理情况。
校党委书记周家伦做了总结发言，他要求全校各部门领导要提高认识，“小金库”是腐败的温床，会造成学校和国家资产大损失，强调此次“小金库”专项治理工作鼓励自查自纠，对自查自纠的从轻处理，对被查出来的或者走过场，弄虚作假的将给予严肃处理。此次“小金库”专项治理工作我校高度重视，学校成立了工作领导小组和办公室，学校自查阶段开展到6月15日，年内教育部还将对直属高校进行重点检查。
