2008-2009年中国大学生李宁杯足球联赛（总决赛）于6月15日在河海大学落下帷幕，同济足球队以此次联赛（南区）冠军的身份进入总决赛，并在教练员的正确指导和队员们的拼搏努力下获得总决赛季军，这是我校足球队参加大学生联赛9年以来的最好成绩。
同济大学足球队在此次总决赛中被分到了B组，被大会称为“死亡之组”。小组赛中碰到了实力强大的对手：上一届亚军此次比赛的东道主——河海大学队、全国体育院校唯一的一支代表队——北京体育大学队、河北省唯一的一支代表队——石家庄经济学院队，但是我校足球队凭着强大的实力仍以小组赛两战全胜的成绩提前一轮拿到八强入场券。
第二阶段八进四的交叉赛中，我队又碰到了十分强劲的对手，唯一一支参加中国甲级联赛的大学生代表队——北京理工大学队。经过赛前充分的准备以及教练员在场上的有效指挥，队员们积极跑动，小范围逼抢，防守反击，都收到了显著的效果，最终我队以3：0的优势赢得了这场关键的比赛。
随后的半决赛中，我队与上届冠军三峡大学队一绝高下，酷热的天气使队员们的体力明显下降，但是大家仍然坚持积极的拼抢并以2：2的结果进入残酷的点球决战，最终以一球之差负于对手。
