截至2020年5月21日，正在运行的学校与地方、国内外企事业单位共建的联合科研机构41个，分别如下：

同济大学苏州研究院

同济大学太仓高新技术研究院

嘉兴同济环境研究院

东莞同济大学研究院

同济大学青岛高等研究院

同济（嘉兴）新产品研发中心

同济大学北京研究院

同济大学重庆研究院

同济中车创新研究中心

上海飞机设计研究院-同济大学飞机内饰与创意设计中心

中国民族贸易促进会—同济大学研究院

中电建路桥同济研究院

同济大学中车捷运研究院

同济大学雄安新区未来城市研究院

深圳市未来智能网联交通系统产业创新中心

南昌智能新能源汽车研究院

上海市建筑数字建造工程技术研究中心

上海污泥处理与资源化高新装备工程技术研究中心

宜宾同济汽车研究院

同济康泰联合研究中心

同济大学-重塑能源燃料电池技术特殊应用联合实验室

同济-维克多汽车技术联合实验室

氢能与燃料电池技术服务联合实验室

同济大学工程与产业研究院阜阳创新中心

华人运通技术有限公司-同济大学新能源动力联合实验室

脑智同飞联合研究中心

燃料电池复合电源系统联合实验室

同济大学-厦门航空有限公司同济厦航算法联合实验室

大地-同济生态环境治理研究中心

中民-同济石材产业研究中心

同济-联州车用制冷剂联合研究中心

同济大学江宁新能源汽车材料创新中心

合禾-同济环境大数据采集、输送、存储、分析计算及应用研究中心

同济大学交科院日照道路交通研究中心

同济大学—太原学院科技成果产业化联合研究中心

同济-启成智能冲压装备联合研究中心

同济川源微生物技术研发中心

先进驱传动系统联合实验室

同济-四川谦宜玄武岩纤维复合材料开发工程中心

同济大学智慧水务联合创新研发中心

智电汽车技术创新中心

沃尔福国方-同济大学联合实验室