截至2020年5月，正在运行的政府部门批准建立的科研机构共77个，分别如下：

国家重大科技基础设施（1）

国家海底长期科学观测系统

国家重点实验室（3）

土木工程防灾国家重点实验室

污染控制与资源化研究国家重点实验室（联合）

海洋地质国家重点实验室

国家工程实验室（1）

新能源汽车及动力系统国家工程实验室

国家工程研究中心（1）

城市污染控制国家工程研究中心

国家工程技术研究中心（4）

国家燃料电池汽车及动力系统工程技术研究中心

国家设施农业工程技术研究中心（联合）

国家磁浮交通工程技术研究中心

国家土建结构预制装配化工程技术研究中心

“2011”协同创新中心（1）

智能型新能源汽车协同创新中心

国家科技资源共享服务平台（1）

国家干细胞转化资源库

国家大型科学仪器中心（1）

汽车整车风洞试验中心（上海）

科技部国际科技合作基地（国际联合研究中心）（4）

新能源汽车工程中心

干细胞与再生医学国际联合研究中心

地震工程国际联合研究中心

可持续城市水系统国际联合研究中心

教育部前沿科学中心（1）

细胞干性与命运编辑前沿科学中心

教育部重点实验室（10）

道路与交通工程教育部重点实验室

长江水环境教育部重点实验室

先进土木工程材料教育部重点实验室

嵌入式系统与服务计算教育部重点实验室

岩土及地下工程教育部重点实验室

高密度人居环境生态与节能教育部重点实验室

心律失常教育部重点实验室

先进微结构材料教育部重点实验室

脊柱脊髓损伤再生修复教育部重点实验室

工程结构服役性能演化与控制教育部重点实验室

教育部国际合作联合实验室（2）

地震工程国际合作联合实验室

生态化城市设计国际合作联合实验室

教育部工程研究中心（6）

土木信息技术教育部工程研究中心

企业数字化技术教育部工程研究中心

新能源汽车教育部工程研究中心

建筑钢结构教育部工程研究中心

道路交通安全与环境教育部工程研究中心

重大工程施工技术与装备教育部工程研究中心

教育部其他研究中心（3）

教育部设施农业网上合作研究中心（联合）

教育部城市环境与可持续发展研究中心（联合）

教育部中国大陆构造环境监测网络联合研究中心同济大学分中心

交通部协同创新平台（1）

重交通道路耐久与安全交通部协同创新平台

其他省部级实验室（4）

现代工程测量国家测绘地理信息局重点实验室（联合）

民航飞行区设施耐久与运行安全重点实验室

桥梁结构抗风技术交通行业重点实验室

中国气象局上海城市气候变化应对重点开放实验室（联合）（筹）

上海市重点实验室（9）

上海市金属功能材料开发应用重点实验室（联合）

上海市结核病（肺）重点实验室

上海市特殊人工微结构材料与技术重点实验室

上海市信号转导与疾病研究重点实验室

上海地面交通工具空气动力与热环境模拟重点实验室

上海市化学品分析、风险评估与控制重点实验室

上海市城市更新及其空间优化技术重点实验室（筹）

上海市轨道交通结构耐久与系统安全重点实验室（筹）

上海市航天测绘遥感与空间探测重点实验室（筹）

上海市“一带一路”国际联合实验室（1）

巽他陆架大洋钻探国际联合实验室

上海市工程技术研究中心（9）

上海电动汽车工程技术研究中心

上海设施农业工程技术研究中心

上海宝石及材料工艺工程技术研究中心

上海网络信息服务工程技术研究中心

上海工业视觉感知与智能计算工程技术研究中心

上海牙组织修复与再生工程技术研究中心

上海区块链应用服务工程技术研究中心（筹）

上海人工心脏与心衰医学工程技术研究中心（筹）

上海超声诊疗工程技术研究中心（筹）

上海市工程研究中心（1）

上海市干细胞临床诊疗工程研究中心

上海市临床医学研究中心（1）

上海市感染性疾病（结核病）临床医学研究中心

上海市专业技术服务平台（5）

上海市新能源汽车产业技术创新服务平台

上海市地面交通工具风洞专业技术服务平台

上海市土木基础设施抗震试验专业技术服务平台

上海市电子废弃物资源化利用专业技术服务平台

上海视觉感知技术创新服务平台

上海高校知识服务平台（上海市协同创新中心）（5）

智能型新能源汽车协同创新中心

上海市电子交易与信息服务协同创新中心

长三角城市群智能规划协同创新中心

上海市磁浮与轨道交通协同创新中心

海底过程研究协同创新中心

上海市软科学研究基地（1）

上海产业创新生态系统研究中心

上海市科创中心（1）

上海新能源汽车研发与转化功能性平台