近年来，我校着眼于加强和企业特别是大型企业的实质性合作。学校大力汇聚成果、资本等资源，侧重与重大转型需求的500强企业、核心城市潜力企业、产业升级垄断企业、资源整合上市公司等开展合作，同时积极协调社会组织的丰富资源，整合策划项目合作，以期为专家教授们的成果工程化及产业化搭建合作平台、提供专业服务，持续提升同济人全面服务社会的能力。

目前，学校已与多家央企及世界500强企业达成深度合作伙伴关系，其中包括中国交建、中国电建、中国铁建、中国石化、神华集团、绿地集团、中国中车股份有限公司、招商局集团等，校企合作伙伴队伍还在不断扩容。同时，多家企业也与同济大学签署相关合作协议，助推校企联合研发平台的建设，其中包括中车城市交通有限公司、中电建路桥集团、江苏康泰集团、绿城集团、佳兆业集团、新兴际华集团、中信银行等。未来，学校工程与产业研究院也将与院系、教授团队密切合作，重点围绕企业转型发展需求，整合、协调、落实一批有影响力、有示范性的校企科研合作。除此之外，同济大学还与中国民族贸易促进会携手设立“中国民族贸易促进会—同济大学研究院”，研究院旨在面向民族地区开展智力技术服务，促进民族地区经济社会文化健康发展。

2016年年底，同济大学与全球规模最大的轨道交通装备供应商——中国中车股份有限公司签署合作协议，共建“同济中车创新研究中心”，这也是中国中车在国内建立的首个综合性研究中心。研究中心旨在创新校企合作机制，从而实现校企科研人员双向流动、校企共建国家级实验室和工程中心、共同引进海内外高层次人才、共同培育轨道交通国际化人才，同时研究中心将依托同济大学学科群优势，面向国家重大战略需求，助推中车主体产业引领国际，同时推动同济大学学科发展和“双一流”建设。

2018年5月，同济大学与中车城市交通有限公司签署合作协议，共建“同济大学中车捷运研究院”。研究院主要围绕城市公交捷运、旅游捷运、物流捷运、智能捷运、商用捷运系统等方向开展技术研发、科技成果应用转化及产业化、高科技企业孵化等工作。研究院依托学校优势学科科研能力以及中车集团交通装备制造经验，与我校汽车学院、新能源汽车工程中心、磁浮中心、交通学院等院系开展合作对接，现着力开展新能源商用车项目、智能专用车项目、轻型磁浮电车项目等科技研发项目。